约战国至西汉时期

《黄帝内经》的成书是一个漫长的过程，并非由一人一时所作。学界普遍认为，其主体内容最终汇编成书于西汉中后期，即约公元前1世纪左右，但其中包含了大量源自战国时期的医学思想和实践总结。该书的形成深深植根于先秦的哲学思想，特别是道家、阴阳家和五行家的理论，将其与早期的医疗经验相结合，构建了一个天人相应、阴阳五行的宏大医学理论体系。其书名托名“黄帝”，反映了当时尊古崇圣的社会风气，旨在增强其权威性。据资料显示，《汉书·艺文志》中记载的“《黄帝内经》十八卷”被认为极有可能就是后世流传版本的雏形，标志着中医理论体系的初步奠基。

约公元6世纪

隋唐时期，政府对医学典籍进行了大规模的整理与编纂工作。其中，杨上善奉敕撰注的《黄帝内经太素》是现存最早的《内经》分类研究性著作。他将《素问》和《灵枢》（当时或称《九卷》、《针经》）的内容重新拆解，按其性质分为摄生、阴阳、人合、脏腑、经脉等十九大类，并进行注解，开创了《内经》分类研究的先河。这种编排方式更系统化，便于学习和掌握其理论精髓。《太素》后来传入日本，对日本汉方医学产生了深远影响，并在中国一度失传，直至近代才从日本传回残卷，成为校勘、研究《内经》的宝贵文献。

公元762年

唐代著名医学家王冰对《黄帝内经·素问》进行了一次极为重要的整理和注释工作。他耗费十二年时间，对当时已残缺错讹甚多的传世本进行了系统的校勘、补亡和注释，并补入了第七卷的“七大论”（关于五运六气学说的七篇大论）。王冰的注本，即《重广补注黄帝内经素问》，不仅基本恢复了《素问》的原貌，更重要的是通过其精深的注释，极大地阐发了《内经》的微言大义，特别是对运气学说的发挥，使其成为中医理论不可或缺的一部分。此版本成为后世《素问》最权威、最通行的传本，影响深远达千余年。

北宋时期

北宋朝廷高度重视医学，设立“校正医书局”，对历代重要医籍进行系统的校订和刊印，这是中国医学史上一次大规模的典籍整理运动。高保衡、林亿、孙奇等学者奉命主持了对《黄帝内经》的校勘工作。他们以王冰注本为底本，广泛搜集参考各种传本，严谨考订，纠正谬误，最终校订出版了《素问》和《灵枢》（其时称《针灸甲乙经》为主要参考），并颁行天下。此次官方校勘确立了《内经》的标准文本，使其内容得以定型并广泛、准确地传播，极大地促进了中医理论的规范化和传承，为后世的研究与学习提供了可靠的版本依据。

公元1155年

南宋时期，《灵枢经》的传承面临危机，当时流传的版本已多有残缺。史崧将其家藏的一部《灵枢经》版本进行校订，并参考其他文献，分为二十四卷，重新刊行于世。据资料显示，有观点认为史崧所献的版本可能源于唐代传入朝鲜的《针经》版本回流。此次刊行意义重大，它使得《灵枢》这部长期流传不如《素问》广泛、甚至一度濒临失传的重要经典得以保存并重新流传，与《素问》共同构成了完整的《黄帝内经》体系，确保了针灸、经络等核心理论的传承。

明清时期

明清两代是《黄帝内经》研究注释的鼎盛时期，产生了大量深入研究的著作，形成了不同的学术流派。代表性注家及其著作包括明代马莳的《黄帝内经素问注证发微》和《黄帝内经灵枢注证发微》（他是全文注释《灵枢》的第一人）、吴崑的《素问吴注》，以及清代张志聪集合同仁及其弟子共同撰著的《黄帝内经素问集注》和《黄帝内经灵枢集注》（开创了集体注释之先例）。这些注家或从临床实际出发，或从理论哲学角度，对《内经》的条文进行了极为详尽和富有创见的阐释，深化了后世对《内经》的理解，并将其理论与临床实践更紧密地结合起来。

20世纪以来

进入20世纪，随着现代科学和西医学的传入，《黄帝内经》的研究进入了新的阶段。一方面，现代学者运用文献学、史学、考古学等方法对《内经》的成书年代、版本源流、文字训诂进行了更为精细的考据研究，如龙伯坚的《黄帝内经概论》。另一方面，众多医家和中西医结合学者尝试从现代医学、生物学、哲学、系统论等角度来阐释和验证《内经》的理论，如脏象、经络、气血等概念。同时，《内经》也被翻译成多种外语，走向世界。尽管其部分理论与现代科学范式存在差异，但它作为中医理论的源头和核心经典的地位从未动摇，持续指导着临床实践和学术发展。