1994年01月

《名侦探柯南》漫画在小学馆的《周刊少年Sunday》第5号上开始连载，作者为青山刚昌。这部作品最初被设想为一个短篇系列，讲述了高中生侦探工藤新一因目睹黑衣组织的交易而被灌下毒药APTX4869，身体缩小为小学生，化名江户川柯南，寄住在青梅竹马毛利兰家中，并暗中协助其父亲、私家侦探毛利小五郎破案的故事。连载初期，作品融合了本格推理与校园喜剧元素，迅速获得了读者欢迎。据资料显示，青山刚昌原本计划连载约三个月，但由于人气高涨，最终发展为长达数十年的超长篇作品。这一开端奠定了整个故事的核心设定与矛盾基础。

1996年01月08日

由读卖电视台和东京电影新社（后更名为TMS娱乐）制作的电视动画《名侦探柯南》在日本读卖电视台和日本电视台联播网首播。动画基本忠实于漫画原作，并增加了大量原创剧情。动画的播出极大地扩展了作品的受众面，使其成为国民级动画。动画版由儿玉兼嗣执导初期系列，高山南为江户川柯南配音，山口胜平为工藤新一配音，山崎和佳奈为毛利兰配音。动画的长期播出也催生了庞大的衍生市场，包括电影、游戏、周边产品等。有观点认为，动画早期相对紧凑的叙事节奏和较高的原创案件质量，为系列的长盛不衰奠定了基础。

1997年04月19日

第一部剧场版动画《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》在日本上映。该剧场版由儿玉兼嗣执导，讲述了柯南在五月一日（兰的生日）当天，与毛利兰被困于装有炸弹的摩天楼中的故事。影片引入了新一与兰关于“红线”的经典对话，深化了角色情感。剧场版的成功开创了该系列每年春季上映一部电影的传统，并逐渐成为日本电影市场的票房常青树。据资料显示，早期剧场版更侧重于案件本身的推理和动作场面，与主线剧情关联不大，但制作精良，为后续剧场版的商业成功铺平了道路。

1999年 ~ 2000年

漫画与动画进入第一个关键的主线剧情高潮期。此阶段引入了多位重要角色并推动了主线发展。1999年，关西高中生侦探服部平次首次登场（漫画第10卷，动画第48话），成为工藤新一的挚友与竞争对手。同年，黑衣组织重要成员贝尔摩德（Vermouth）以美国女星莎朗·温亚德的身份首次被提及。2000年，灰原哀（宫野志保）作为APTX4869的研发者、叛逃组织的科学家登场（漫画第18卷，动画第129话），她的加入使柯南有了对抗组织的盟友与情报来源，并正式引入了“黑暗组织”的深层线索。这一阶段标志着故事从单元剧模式向更宏大的主线叙事拓展。

2001年 ~ 2002年

主线剧情围绕“满月之夜的双重谜案”展开，这是早期最复杂、涉及人物最多的主线篇章之一。故事揭示了贝尔摩德与工藤新一、毛利兰以及朱蒂·斯泰琳（FBI探员）之间的复杂关系。贝尔摩德知晓柯南真实身份却选择保密的原因（“Angel”的称呼）在此揭晓。同时，FBI作为对抗黑衣组织的官方力量正式介入故事，赤井秀一以“银色子弹”的身份登场。此篇章还涉及了贝尔摩德与莎朗·温亚德实为同一人（因某种原因保持年轻）的谜团。据资料显示，这一系列事件极大地丰富了组织的层次和各方势力的博弈，将故事格局从个人对抗提升到组织间较量。

2007年 ~ 2008年

主线剧情迎来重大转折点，即“红与黑的碰撞”系列。该篇章详细描述了FBI与黑衣组织围绕组织成员水无怜奈（基尔，实为CIA卧底）展开的激烈攻防。期间发生了赤井秀一疑似被水无怜奈枪杀身亡的事件（后证实为诈死计划）。同时，本堂瑛佑登场，寻找姐姐水无怜奈，引出了CIA的线索。此篇章是各方情报机构（FBI、CIA）与组织正面冲突的集中体现，剧情紧张、逻辑复杂。有观点认为，这是《名侦探柯南》主线剧情中构思最为缜密、悬念设置最成功的章节之一，赤井秀一的“死亡”与后续复活成为了长期悬念。

2009年 ~ 2014年

故事进入“波本篇”核心剧情。安室透（降谷零）以私家侦探身份潜入毛利侦探事务所附近，其真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，代号“波本”。与此同时，冲矢昴（实为假死后的赤井秀一）入住工藤新一家，世良真纯作为赤井秀一的妹妹登场。多方势力交织，身份谜团重重。此阶段的高潮是绯色篇，揭示了安室透、赤井秀一、世良真纯与他们的上司、已故的宫野艾莲娜（灰原哀母亲）之间的往事，并明确了冲矢昴即赤井秀一，安室透即波本。这一系列事件深度挖掘了角色背景，并将日本公安引入对抗组织的阵营。

2014年 ~ 2017年

剧场版《名侦探柯南：异次元的狙击手》首次将主线重要人物赤井秀一（以冲矢昴形象）引入剧场版剧情。随后，2015年的《业火的向日葵》虽非主线，但扩大了影响力。更重要的是，2016年剧场版《纯黑的噩梦》首次以黑衣组织作为核心反派，涉及组织二号人物朗姆的线索，并出现了组织成员库拉索。2017年《唐红的恋歌》则主要推进服部平次与远山和叶的感情线。这段时期，剧场版与漫画主线的联动开始加强，商业上也不断刷新票房纪录。据资料显示，自《异次元的狙击手》起，剧场版制作开始更注重动作场面和宏大场景，推理元素相对减弱，但票房号召力持续增强。

2017年 ~ 2021年

漫画主线进入“朗姆篇”。黑衣组织二号人物朗姆的身份成为核心谜题。三位嫌疑人：黑田兵卫（警方管理官）、若狭留美（小学老师）、胁田兼则（化名在毛利侦探事务所楼下工作的厨师）相继登场。经过长期铺垫，在2021年的漫画中正式揭示胁田兼则即为朗姆本人，其真实形象为独眼壮汉。此篇章还深度揭示了羽田浩司案（17年前）的真相，该案件是工藤新一缩小前调查的案件，涉及阿曼达·休斯和羽田浩司被杀，线索直指朗姆和黑衣组织。朗姆篇是继“波本篇”后又一长期主线，进一步逼近组织核心。

2019年 ~ 2023年

剧场版与漫画主线联动进入新阶段。2019年《绀青之拳》在新加坡展开故事。2021年《绯色的子弹》与“绯色篇”关联，以FBI和赤井一家为主角。2022年《万圣节的新娘》聚焦警校五人组往事（安室透的回忆）和高木涉、佐藤美和子的感情线。2023年《黑铁的鱼影》则直接以灰原哀为中心，涉及组织对哀的追捕、潜水艇等高科技装备，并因柯南与哀、兰之间的互动情节引发了广泛讨论。此阶段的剧场版票房屡创新高，《黑铁的鱼影》更成为日本影史票房最高的《柯南》剧场版。有观点认为，剧场版日益成为推动人气和讨论度的关键，有时甚至影响漫画剧情走向。

2021年 ~ 持续至今

在朗姆身份揭晓后，漫画主线开始向最终阶段铺垫。故事揭示了黑衣组织首领为乌丸莲耶（半个世纪前的大富豪），其目标是研发能够“逆转时光洪流”的药物，这与APTX4869的研究目的紧密相关。工藤优作、工藤有希子等角色更加活跃地参与对抗组织。同时，玛丽（世良真纯与赤井秀一的母亲，MI6特工）因服用APTX4869而身体缩小，与灰原哀产生交集。各方势力（FBI、CIA、日本公安、MI6以及工藤家）开始为最终对决进行准备与布局。据资料显示，作者青山刚昌曾在访谈中表示故事已进入最终章，但具体完结时间仍未确定，粉丝普遍关注核心谜题（如BOSS真身、药物秘密）的最终解答。