1888年

南京大学的最早源头可追溯至1888年由美国基督教美以美会（后称卫理公会）在南京创办的汇文书院。其创办背景是19世纪末西方传教士在华兴办教育的热潮，旨在传播基督教文化并培养本地人才。书院首任院长为美国传教士福开森，院址位于南京干河沿（今南京金陵中学所在地）。汇文书院最初设有博物馆、医科、圣道馆等，是当时中国少数几所兼具中西学内容的现代学堂之一。据资料显示，福开森在任期间不仅致力于教学，还积极参与了南京的城市规划与建设，其个人收藏后来部分捐赠给了上海博物馆。汇文书院的创立，标志着西方现代高等教育模式在南京的引入，为日后金陵大学的成立奠定了基础。

1910年

1910年，由美国基督教会创办的汇文书院与另一所教会学校宏育书院合并，正式成立金陵大学，并在美国纽约州教育局立案注册，使其毕业生可直接升入美国大学的研究院。合并后的金陵大学首任校长为包文，校址仍在干河沿。学校实行“寓师范于大学”的体制，初期设文科、医科、农科等。据资料显示，这种在美国注册的模式在当时中国高等教育机构中较为独特，保障了其学位在国际上的认可度。金陵大学的成立，整合了教会教育资源，使其成为华东地区重要的教会大学，其农科尤其著名，为中国现代农业科学的发展做出了早期贡献。

1915年

金陵大学于1915年增设农科，这成为中国四年制大学农业教育的开端。农科创办人及首任科长是美国教授裴义理。农科最初致力于培养农业人才、推广现代农业技术以及进行作物品种改良研究。学校在南京附近开辟了农场作为实验基地。这一举措的背景是当时中国以农立国，但农业技术落后，教会大学希望通过引入西方农业科学来改善民生并扩大影响力。农科的发展非常迅速，后来成为金陵大学最具实力和特色的学科之一，为中国培养了大批早期的农业科学家和推广人员。有观点认为，金陵大学农科的成功，与其紧密结合中国农业实际需求、进行本土化研究密不可分。

1921年

经过数年筹备与建设，金陵大学于1921年开始将主要教学机构从原干河沿旧址逐步迁入位于南京鼓楼西南的新校址（即现南京大学鼓楼校区北园）。新校园由美国建筑师司斐罗、齐兆昌等规划设计，建筑多采用中国古典宫殿式风格，绿瓦红柱，与周围现代功能相结合，形成了独具特色的校园景观，其中北大楼成为标志性建筑。迁址工程持续数年，新校园的建成极大地改善了办学条件，为学校的后续发展提供了空间。据资料显示，这种“中西合璧”的建筑风格在当时教会大学中形成风尚，旨在体现基督教与中国文化的融合，金陵大学校园是其中的杰出代表。

1927年

1927年，中国政局发生重大变化，国民政府定都南京，并推行收回教育权运动。在此背景下，金陵大学进行了深刻的改组，由中国人陈裕光出任校长，成为金陵大学历史上第一位中国籍校长，也是第一位担任中国基督教大学校长的中国人。此举标志着金陵大学管理权从外国传教士向中国教育家的转移，是教育本土化的重要里程碑。陈裕光校长上任后，坚持学术独立、教育救国的理念，在保持学校原有特色和与美国教会联系的同时，积极推动学校服务于中国社会与国家建设。他的就职稳定了学校在动荡时局中的发展，并为金陵大学赢得了“中国化”教会大学的声誉。

1928年

1928年，另一所重要的国立大学——国立中央大学在南京成立。其前身可追溯至1902年张之洞奏请设立的三江师范学堂，历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学等阶段演变而来。国立中央大学是国民政府时期首都的国立最高学府，学科门类齐全，师资力量雄厚，享有“最高学府”之称。其成立背景是国民政府试图建立国家主导的现代高等教育体系。学校汇集了当时中国众多知名学者，在科学研究、人才培养方面具有举足轻重的地位。国立中央大学的建立与发展，与金陵大学共同构成了南京高等教育的双峰，两者性质不同（一国立一私立），但都为南京成为中国学术中心做出了贡献。

1937年 ~ 1945年

1937年抗日战争全面爆发，同年11月，日军逼近南京。为保存教育力量，金陵大学与国立中央大学均被迫西迁。金陵大学最初迁至四川成都华西坝，与同样迁至此地的金陵女子文理学院、华西协合大学等校合作办学，在极其艰苦的条件下坚持教学与研究。而国立中央大学则进行了中国抗战时期规模最大、组织最完备的一次高校内迁，全校师生及大量设备经长江水路和陆路，最终迁至重庆沙坪坝松林坡坚持办学，其医学院则迁至成都。整个抗战期间，两校师生在后方克服物资匮乏、敌机轰炸等困难，弦歌不辍，不仅坚持了高等教育，还积极投身于抗战服务与科研工作，为抗战建国保留了珍贵的学术火种。

1945年 ~ 1946年

1945年8月抗日战争胜利后，西迁的各高校开始筹备复员回宁。金陵大学与国立中央大学的师生于1946年分批从四川返回南京。返回后，两校均面临校园被占用、校舍破损、设备损失等重重困难，开始了艰难的恢复与重建工作。金陵大学收回了鼓楼校址，并逐步修复战争创伤。国立中央大学也恢复了在南京四牌楼等校址的办学。复员过程纷繁复杂，但两校均在较短时间内恢复了正常的教学秩序。这一时期，经历了战争洗礼的师生们对国家和民族的前途有了更深的思考，校园内的思想活动也日趋活跃，为接下来的历史变迁埋下了伏笔。

1949年 ~ 1950年

1949年4月，中国人民解放军占领南京，政权更迭。新成立的中华人民共和国政府对高等教育体系开始了全面改造。1950年，中央人民政府政务院颁布《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的决定》，金陵大学作为接受美国教会津贴的大学，其命运发生根本转折。学校与教会的关系被切断，开始了深刻的内部调整，包括课程改革、思想改造等。与此同时，国立中央大学在1949年8月被更名为“国立南京大学”，次年去“国立”二字，直接称“南京大学”。这两所渊源、性质迥异的大学，即将在新时代的院系调整浪潮中，走向融合与重组。

1952年

1952年，中华人民共和国政府仿照苏联模式，在全国范围内进行了大规模的院系调整。在这次调整中，原南京大学（由国立中央大学改名而来）的文、理学院与金陵大学的文、理学院合并，组建了新的、文理学科为主的“南京大学”，校址设在原金陵大学鼓楼校址。与此同时，原两校的工、农、师范、医学等院系被分离出去，与其他高校的相关科系重组，成立了南京工学院（今东南大学）、南京农学院（今南京农业大学）、南京师范学院（今南京师范大学）、华东水利学院（今河海大学）等多所专门学院。这次调整彻底改变了中国高等教育的格局，形成了新的南京大学，也奠定了今日南京众多高校的基本架构。有观点认为，此次调整虽强化了专业教育，但也导致了学科综合性的削弱。