约公元前3世纪

据考古学和语言学研究表明，维吾尔族的远祖可以追溯到活动于蒙古高原至中亚地区的游牧民族丁零（或译狄历、敕勒）。他们使用属于突厥语族的语言，以游牧经济为主。有观点认为，丁零人后来演变为铁勒（高车）诸部，其中包含回纥（后改称回鹘）的先民。这一时期是突厥语族各部落在欧亚草原地带逐渐形成和分化的重要阶段，其社会结构以部落联盟为主，与当时的匈奴帝国以及后来的鲜卑等政权有着复杂的互动关系。

744年 ~ 840年

回纥首领骨力裴罗联合其他铁勒部落，推翻了后突厥汗国的统治，于漠北鄂尔浑河流域建立了回纥汗国（后于788年经唐朝册封改称回鹘汗国）。其疆域东起兴安岭，西至阿尔泰山，成为当时蒙古高原的霸主。汗国与唐朝长期保持密切的友好关系，曾两次出兵助唐平定安史之乱，并通过“绢马互市”进行大规模贸易。汗国后期因内乱频发、自然灾害以及黠戛斯人的进攻而于840年崩溃。汗国的崩溃导致了大规模的民族迁徙，其中一支主力西迁，对中亚乃至西域的历史进程产生了深远影响，并逐渐与当地居民融合，成为现代维吾尔族的重要源头之一。

9世纪中期 ~ 12世纪

回鹘汗国崩溃后，西迁的回鹘部众主要分为三支。其中最重要的一支进入了天山南北麓，先后建立了高昌回鹘王国（又称西州回鹘，中心在今吐鲁番地区）和喀喇汗王朝（又称黑汗王朝，中心最初在巴拉沙衮和喀什噶尔）。这两个政权均逐渐放弃了原有的游牧生活方式，转向定居的农业和城市生活，并接受了佛教（高昌）和伊斯兰教（喀喇汗）。喀喇汗王朝于10世纪中期率先皈依伊斯兰教，并于11世纪初期灭掉于阗佛教王国，开启了塔里木盆地西部和南部地区的伊斯兰化进程。这一时期，回鹘文化得到了巨大发展，创造了以粟特字母为基础的回鹘文，并翻译了大量佛教、摩尼教和景教经典。

12世纪 ~ 1759年

这一时期，西域地区经历了复杂的政治变迁。西辽（喀喇契丹）、蒙古帝国（及后来的察合台汗国）先后统治该地区。在察合台汗国时期，天山以南的绿洲居民被称为“畏兀儿人”，这一名称逐渐成为族称。约从14世纪起，东察合台汗国的蒙古统治者强制推行伊斯兰教，最终使整个塔里木盆地的居民基本伊斯兰化。16世纪，叶尔羌汗国建立，其统治范围内，以喀什噶尔、叶尔羌、于阗等绿洲为中心的畏兀儿文化得到了进一步整合和发展。有学术观点认为，现代维吾尔族正是在这一时期，由当地原住民、回鹘人、葛逻禄人以及部分蒙古人等群体相互融合，最终于16世纪前后基本形成。

1759年 ~ 1911年

清乾隆帝派兵平定准噶尔部叛乱和大小和卓叛乱，重新统一西域，并于1762年设立“伊犁将军”进行军府制管理，称该地为“新疆”或“西域新疆”。清朝的统治结束了该地区长期的割据战乱，并采取了屯垦戍边、减轻赋税、尊重当地宗教习俗（但限制阿訇权力）等一系列政策。这一时期，南疆的维吾尔族社会形成了以伯克制度为核心的地方管理体系，农业、手工业（特别是纺织业）和商业得到恢复和发展。据资料显示，至19世纪中叶，维吾尔族已成为新疆人口占多数的民族。1864年后，阿古柏曾一度入侵并建立政权，后被左宗棠率清军收复（1878年）。1884年，清政府正式设立新疆省，实行与内地相同的行省制度。

1911年 ~ 1949年

辛亥革命后，新疆先后处于杨增新、金树仁、盛世才等地方军阀的统治之下。这一时期，维吾尔族社会经历了现代化教育的初步萌芽，出现了第一批近代学校和知识分子。1933年，曾在喀什短暂出现过“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的分裂政权，但迅速瓦解。1934年，盛世才政府宣布废除“缠回”等旧称，正式确定“维吾尔”为族名。1944年，爆发了伊犁、塔城、阿勒泰三区革命，反对国民政府的统治，后于1946年与中央政府达成和平协议，成立了联合政府。这一时期，维吾尔文化得到一定发展，出版业和文学创作有所活跃，但社会整体仍处于封建农奴制占主导的落后状态。

1949年 ~ 1978年

1949年新疆和平解放。1955年10月1日，新疆维吾尔自治区正式成立，实行民族区域自治制度。自治区成立前后，进行了民主改革和社会主义改造，废除了封建伯克制度和农奴制，土地分配给农民。国家投入大量资源进行基础设施建设，如兰新铁路的修建（1962年全线通车）、石油勘探开发（如克拉玛依油田）以及建立现代工矿企业。教育事业得到发展，建立了从小学到大学的教育体系，并创制和完善了以阿拉伯字母为基础的现代维吾尔文字。据资料显示，这一时期维吾尔族的人口数量和社会经济水平均有显著提高，但也在“文化大革命”等政治运动中经历了曲折。

1978年 ~ 2012年

中国实行改革开放政策后，新疆的经济社会进入新的发展时期。农村推行家庭联产承包责任制，农业生产力得到解放。棉花种植、林果业（如葡萄、哈密瓜、香梨）成为重要的支柱产业。石油、天然气等能源资源的开发力度加大，西气东输工程启动。对外开放口岸增多，与中亚国家的经贸往来日益频繁。民族文化事业得到发展，维吾尔木卡姆艺术于2005年被联合国教科文组织列为“人类口头和非物质遗产代表作”。然而，据多方资料显示，这一时期也伴随着一些复杂情况，民族分裂势力、宗教极端主义和暴力恐怖活动在一定时期内呈活跃态势，发生了多起暴力恐怖事件，对社会稳定和民族团结造成威胁。

2012年

进入新时代以来，新疆的社会经济发展持续加速。基础设施建设成就显著，包括高速公路网、铁路网（如兰新高铁）的扩展以及通信网络的覆盖。脱贫攻坚战取得全面胜利，维吾尔族及各族民众的生活水平显著提高。据官方数据和报道，教育、医疗、住房等民生条件得到极大改善。与此同时，自治区政府采取了一系列措施维护社会稳定和长治久安，依法严厉打击暴力恐怖活动。有国际观点对此存在不同解读和争议。在文化层面，维吾尔传统文化得到保护和传承，同时国家通用语言文字的推广普及工作也在不断加强。当前，新疆正处于历史上最好的发展时期之一，但也面临着促进各民族交往交流交融、巩固脱贫攻坚成果、应对国际舆论环境等挑战。